Le début de l'histoire se centre sur quatre personnages principaux : Naruto Uzumaki bien évidemment, mais aussi Sakura Haruno, Sasuke Uchiwa et leur sensei Kakashi Hatake, présents dans presque tous les premiers chapitres du manga et protagonistes de ceux-ci.

Par la suite, de nouveaux personnages font leur apparition, comme les Sannin, trois ninjas légendaires qui deviendront les mentors des trois élèves dans la nouvelle génération et introduisant leur séparation. Naruto l'hyperactif suivraJiraya, ninja pervers au grand cœur, ancien maître du Quatrième Hokage ; Sakura, plus calme, suivra la formation de ninja médical de Tsunade ; Sasuke le surdoué deviendra le protégé d'Orochimaru, considéré comme un génie, il est néanmoins un criminel recherché pratiquant des expériences interdites et veut s'emparer du corps de Sasuke.

Au fur et à mesure du développement de l'intrigue, de nouveaux personnages apparaissent, devenant les rivaux (Gaara, Rock Lee …), les alliés (Shikamaru Nara, Hinata Hyuga …) ou les grands ennemis, tels les membres de l'Akatsuki, organisation obscure de ninjas déserteurs et très puissants.